لازم به ذکر و توجه است در عین این که استفاده از قواعد و قوانین زبان شناسی و فهم متن، برای فهم متن قرآن کاملا ضرورت دارد و نباید به هیچ عنوان از آنها غفلت نمود، اما این کتاب الهی علاوه بر این بعد بشری(زبان الفبایی خاص بشر است) ابعادی دیگر نیز فراتر از این سطح فهم را داراست. این کتاب الهی دارای عجایب بسیار دیگری نیز جز این بعد هست که مانند نشانه و آیتی دال بر الهی بودن آن، ابعادی از آن را آشکار میکند، مانند آنچه که کربلایی کاظم میدیدند او در عین بیسوادی قادر به تشخیص کلام الهی از غیر آن میشدند. این ویژگی آیات الهی متفاوت از دیگر کلامها است که در نگاه کربلایی کاظم به مرحله بروز و ظهور رسیده بود.
تجربه ایشان قابل آزمون خطا بود و لذا از نظر عقلی و علمی چیزی بوده است که به اثبات رسیده است
نیز ابعاد دیگر آن که گاه نشانههایی از آن هویدا میشود معجزه بودن و غیر بشری بودن اصل آن را برای اهل ایمان به مرحله درک میرساند.
برای نمونه بررسیهایی که موریس بوکای حول برخی آیات قرآن انجام داده صرف نظر از قضاوت در درستی و نادرستی همه آنها و یا آیه شق القمر که به معجزه پیامبر دلالت دارد و پیدا شدن شواهدی از مطالعات نجومی که بر احتمال انشقاق ماه دلالت دارد.
همه اینها ما را به این که این کلام الهی بعد از فهمی که باید قاعده مند باشد که متناسب فهم بشر است، ابعاد دیگر نیز دارد که به آن حیاطی دیگر میبخشد و موجب اهتمام بیشتر بشر به آن میشود که آن نیز لازمه و در راستای هدف قرآن که همان هدایت بشر است میباشد.
با همه این اوصاف، نباید ما در پی یافتن این قرایین باشیم و سراغ قرآن برویم برای یافتن این موارد و تحمیل علوم بر آن؛ زیرا این نحو عمل کرد احتمال به خرافه کشیده شدن و تحریف متن وجود دارد؛ اما برخی شواهد که به حد قریب به یقین میرسند جای توجه دارد و همان برای نشانه و آیتی از سوی خداوند کفایت میکند. البته این نظر به این معنا نیست که در قرآن چیزی خلاف علم بشری نیست مانند حرکت خورشید که قرآن به آن اشاره میکند همانند سخن گفتن ما از حرکت آن با این که به این که زمین حرکت میکند علم داریم اما مثلا میگوییم خورشید به وسط زمین رسیده است. این نحو سخن گفتن به تعبیر دکتر نکونام از قبیل مطابق فهم و درک مخاطبان و نیز آداب سخن گفتن آنان و به زبان مأنوس آنان سخن گفتن است. اما در آیاتی که از تمثیل و تشبیه و آنچه که بشر از آن اطلاعی نداشتهاند و قرآن به ابتداأ از آن موارد سخن میگوید و با آنچه در واقعیت و از نظر علمی بدان دست یافته اند هم خوانی دارد را میتوان دید؛ شاید به این گونه اطلاعات در قرآن توان اطلاق اخبار غیبی نمود
مانند آنچه که دکتر شاکر در ارتباط با هامان در مقاله ای به اثبات آنچه که قرآن از آن سخن گفته است در واقعی و از نظر مطالعات تاریخی رسیده اند؛ مخالف و متفاوت از آنچه که در عهدین آمده.
برای نمونه دیگر در این هماهنگی آیات با واقعیت می توان به ماجرای جسد فرعون اشاره نمود. جسد فرعون که پژوهشگران به سلامت بدن او در عین این که اول غرق شده بوده است رسیدند و این هیچ با یافتههای تاریخی مخالفت نداشته است. در حالی که تصور عامه مخالف آنچه قرآن میگفته بود است.
میزان درستی و تهی از خطا بودن آن در گزارشات تاریخی است که این بعد آن ثابت شده و با تمام یافتهها باستان شناسی و تحقیقات تاریخی مطابقت دارد و در قرآن تصریح شده است که اخباری ابلاغ شده به پیامبر از طریق وحی(قرآن)،